Fétis expose une conception de la tonalité dans laquelle la gamme joue un rôle essentiel : « la tonalité se forme de la collection des rapports nécessaires, successifs ou simultanés, des sons de la gamme ». Il prend ainsi en quelque sorte à l'avance le contrepied de la théorie de Riemann, bien que ce dernier ait soutenu que son système n'était qu'un développement de celui de Fétis.
Fétis, en outre, est ethnomusicologue avant la lettre, puisque c'est une considération de la diversité des systèmes musicaux du monde qui l'amène à rejeter les justifications arithmétiques ou physiques de la tonalité.
Une thèse fondamentale de sa théorie est que les seuls accords naturels sont l'accord parfait et la septième de dominante, et que toutes les autres septièmes sont des modifications de celle-ci. L'accord de septième de dominante est en outre celui qui détermine le plus nettement la tonalité.