L'organisation du traité est assez confuse; la doctrine est très ramiste.
« Les accords proviennent de l'addition de deux tierces, soit au dessus, soit au dessous de l'accord primitif appelé tonique; laquelle addition produit deux autres accords primitifs, l'un, sur la quinte supérieure appelée dominante; l'autre, sur la quinte inférieure appelée sousdominante. C'est d'après cette opération, que les degrés de la tonique, de la dominante et de la sousdominante, ainsi que les accords qu'ils portent, sont regardés comme les trois degrés, ou les trois accords fondamentaux de l'harmonie, dont le son grave en est la basse fondamentale » (p. 23). C'est un point de vue zarlinien. L'accord de treizième sur chacun de ces accords produit chaque fois la gamme diatonique du ton.
Rey fait par ailleurs mention de la résonance, sans néanmoins la mettre clairement en relation avec ce qui précède. Voir p. 120 sq. : « Quoique l'accord consonant mineur ne soit que l'ouvrage de l'art, puisque la tierce mineure n'est pas dans la résonnance du corps sonore, il est reçu comme fondamental, parceque la tierce, n'étant qu'une consonnance imparfaite, a pu comme terme moyen, être restreinte d'un demi-ton, sans atténuer l'effet des deux extrêmes : [la tonique et la quinte]. ».
Le corps du traité concerne essentiellement ce « contrepoint harmonique » caractéristique du cours d'harmonie français, qui se préoccupe plus de la marche des parties que de tonalité. « Au moyen des trois accords fondamentaux de l'harmonie, savoir : l'accord de quinte, l'accord de septième et l'accord de sixte ajoutée, la basse fondamentale peut parcourir tel intervalle que ce soit de la gamme, en montant comme en descendant [...]. La basse fondamentale ne doit jamais sonner d'autres notes que celles des trois degrés fondamentaux du ton où l'on est, ou de celui où l'on veut passer [...] » (p.121). La réduction de tous les accords à trois degrés de la basse fondamentale (notamment par la sixte ajoutée) est probablement issue des idées de d'Alembert, et analogue aux principes riemanniens. Rey avait envisagé par ailleurs (p. 29) les marches diatoniques (notamment I-IV-VII-III-VI-II-V-I), où « la basse fondamentale [...] n'est [...] qu'une basse arithmétique ou artificielle ». « La basse fondamentale ne doit marcher que par intervalles consonnans, si ce n'est dans un acte de cadence rompue, ou après un repos exprimé ou sous-entendu » (p. 122). D'autres exceptions encore sont signalées : sur une pédale à la basse, lorsque la basse réelle marche par degrés conjoints [il s'agit d'harmonies de passage, que Rey n'analyse néanmoins pas explicitement comme telles], ou lors de l'usage de la septième diminuée ou d'un accord altéré.
« La musique considérée sous le rapport de l'harmonie ou de la mélodie est un enchainement perpétuel de cadences. [...] La cadence est directe, quand elle est formée par des accords fondamentaux; elle est indirecte, quand elle se forme des dérivés [c'est-à-dire des renversements] de ces mêmes accords » (p. 129).