Le traité est divisé en deux parties de longueurs inégales : la première consacrée aux « Reigles pour le contrepoint » (f. 3r-14v), la seconde intitulée « Des modes ou tons » (f. 14v-18r).
La première partie passe successivement en revue les types de contrepoint (simple ou figuré), les consonances parfaites et imparfaites, les dissonances « naturelles » (secondes et septièmes majeure et mineure), les règles de succession des consonances, etc., qui ne concernent pas directement la théorie de la tonalité. Elle s'achève par une discussion intéressante de la cadence, qui consiste pour Le Roy en une succession de trois notes.
À la taille (la partie inférieure), l'intervalle parcouru de la première à la troisième note est l'unisson ou plus souvent la tierce ou la quarte. À la partie de dessus, la première note et la troisième doivent être à l'unisson.
« La cadence se peut pratiquer en deux sortes, assavoir simple et syncopée.
En la simple il n'y a point de dissonance. En la syncopée, si elle se faict à l'unisson, la syncope et dernière partie de la notte syncopée
doit estre une seconde, suivie d'une tierce majeur ou mineur, mais la mineur sera plus propre, à cause que les parties se conjoignent,
par le moyen du semiton. Si elle se faict à l'octave, alors la dernière partie de la syncope doit estre une septième, suivie d'une sixte. Et faut notter que la taille faict sa cadence descendant de la seconde à la dernière.
Le dessus au contraire en montant de la seconde à la dernière. Si la partie d'embas faict cadence de dessus, et que la taille soit à l'octave en haut, alors la dissonance sera neufiesme et la consonance sera dixiesme si on se veut conjoindre à l'octave » (f. 13r-v).
On voit donc qu'il existe une « cadence de dessus » qui constitue une formule fixe, la broderie inférieure, éventuellement syncopée ; le mouvement de l'autre voix est plus libre. Un exemple à deux voix en illustre quelques cas :
La deuxième partie débute par une définition générale du mode :
« Et premièrement, nous disons que mode n'est autre chose qu'une certaine manière de modulation ou chant, contenue entre les extrémités d'un diapason ou octave, mi-partie de la quarte et de la quinte, et icelle quinte mi-partie de la tierce. Lesquelles cordes ou voix seront les principalles des dictes modes, et lesquelles il faudra le plus souvent toucher et faire entendre » (f. 14v).
Le Roy explique ensuite que les sept espèces d'octaves diatoniques devraient donner quatorze modes authentiques et plagaux, mais qu'une octave doit être éliminée parce qu'elle ne permet pas la subdivision en quarte et quinte : il ne reste que six octaves qui forment douze modes.
Il montre ces douze octaves articulées en quinte et quarte ou en quarte et quinte, puis continue :
« Nous voyons par cet exemple que chaque mode contient une octave, toutesfois mi-partie diversement, c'est asçavoir. Les autentiques procèdent premièrement par la quinte en montant et puis après par la quarte. Ce qui s'appelle mi-partement harmonique. Le plagal faict tout au contraire, car en lieu de monter la quarte au dessus de la quinte comme l'autentique, il la descend en bas et ce mi-partement est appellé arithmétique. Or pour avoir plus facile intelligence de ce que dessus, il faut sçavoir que la plus basse corde des autentiques, ou bien la plus haute qui respond à l'octave sera la notte finalle dudict mode, tant autentique que plagal. Et la corde qui faict la quinte est appellée dominante en l'autentique, et faudra que le disciple face souvent répéter en sa modulation lesdictes quintes et quartes du mode qu'il voudra traicter. Combien qu'il peut aussi user de quelque autre quinte et quarte empruntée de quelque autre mode, mais non si souvent que des naturelles » (f. 15v-16r).
Les douze modes sont encore passés en revue, présentés chacun comme une gamme ascendante d'une octave. Le Roy ajoute :
« Il reste maintenant à cognoistre les cordes auxquelles on peut faire les cadences naturelles de chaque mode, et faut premièrement prendre la quinte et la mi-partir par la tierce, et sur chacune desdites cordes se font les cadences naturelles, tellement que chaque mode aura trois cadences particulières. Les modes susdicts se peuvent transporter quelquefois par le moyen du b mol, une quarte plus haut ou une quinte plus bas comme, par exemple, le Dorien, qui est en d la sol ré, se peut transporter une quarte plus haut, ou une quinte plus bas, qui sera en g sol ré ut par b mol » (f. 17r).
Le traité s'achève par une brève discussion des superpositions d'intervalles dans les compositions à trois voix.